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LI-6800數(shù)據(jù)分析 | 文章的圖形和照片的拼接也可以用 R 啦

更新時間:2021-09-01      點擊次數(shù):2114

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LI-6800高級光合-熒光測量系統(tǒng)

在文章中難免有太多需要拼圖的地方,例如作圖的時候直接將幾幅圖拼在一起,這種方式的拼圖比較好處理,有大量的軟件包做這個事情,例如優(yōu)秀的 patchwork,還有一種就是實驗的拍照,需要拼圖,或者拍照和作圖拼在一起,這種方式我們通常都手動處理,實際上,現(xiàn)在在 R 里也有解決方案了,那就是今天要介紹的 figpatch 軟件包,與 patchwork 是絕配。

安裝

安裝很簡單,從 CRAN 即可,現(xiàn)在 github 不是那么好用:

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要使用還是必須進(jìn)行一如既往的操作:

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使用

我這里使用兩次 RACiR 測量的數(shù)據(jù),因為這兩個數(shù)據(jù)來源于水稻,所以我網(wǎng)上隨便找了兩個水稻的圖片,當(dāng)做兩次測量的植株處理。

先將數(shù)據(jù)讀入:

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后面簡化操作步驟,用 ggplot2 默認(rèn)的 loess 方式擬合一下數(shù)據(jù),不再進(jìn)行一個非線性擬合后在寫入公式。

與作圖數(shù)據(jù)進(jìn)行拼圖

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實際上測量時水稻是種在溫室里相鄰的兩個水池內(nèi),長勢也一致,這里只是作為演示用,所以不要誤會。

拼圖時圖形我們可以設(shè)置長寬比,方便我們調(diào)整圖形的外觀,例如下面三個例子:

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標(biāo)簽

作為標(biāo)準(zhǔn)的科研圖形,加標(biāo)簽很重要:

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拼接照片

拼接照片也很方便:

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拼接多個圖片

如果有大量的圖片,可以先把他們拼接成向量或列表,以及利用相關(guān)參數(shù)調(diào)整邊距等

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添加特定文本

figpatch 實際上是對圖片進(jìn)行 ggplot2 包裹,他的 fig() 實際上是 ggplot 對象,labels則是坐標(biāo)軸 (x 或 y)。因而可以根據(jù)這個來定制特定文本的顯示。

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